R语言专辑一 韦恩图如何走向新生?最全韦恩图整理

R语言专辑一 韦恩图如何走向新生?最全韦恩图整理

韦恩图(Venn diagram),也叫维恩图、文氏图、温氏图等。即数学中的集合。目前韦恩图软件眼花缭乱,但选择一款适合自己的并非易事,毕竟要求和眼界也是越来越高,面对各式各样的R包,想找出符合自己要求的图更是难以抉择。本文主要介绍12个R语言中的韦恩图软件绘制,让您绘制心目中的韦恩图不再困难。

点评:该包暂时未开源,为百迈客云研发独有。韦恩网络图对每个交集均得到展示且保留了源交集信息。而且比较美观。

点评:增加了权重大小设置,即图形大小跟着数值变动,但是输入需要提前计算好,且图形无法显示数值,需要额外text。包安装可能容易报错,亦可弃之。

点评:可以显示数值或比例,设置权重,且可以自定义边框和颜色等;但有时数据不好,圈圈分离比较乱,影响美观;且如果需要同大小圈圈时,可能比较难调整。有类似的需要可以选取,否则可弃之。

Venn的包在一段时期使用量比较高,其输入支持多种格式,比如常见的list型,dataframe等,哪怕单纯输入一个维度数字就可以出图,易上手,而且早期使用较多,作者还出了6维和7维的韦恩图,着实小小的惊艳了一下。

点评:入手容易,输入灵活,基本符合所需。但是venn=2的时候,上下留白太多,影响图片美观,暂列为次选。

VennDiagram包目前仍是使用量最多的韦恩图包,没有之一,也是被人推荐次数最多的包。基本上把能用到的参数都外置,让使用者更多的是自定义自己的图形。

点评:此包的出现,在相当长时间使用量急剧增加,样式多变,输入灵活,每个点线均可自定义设置。为韦恩图2-5维的首选,但权重绘制时,借鉴了eluer,可作为优选。

3, 因是ggplot2的拓展包,因此支持ggplot2的其他语法设置;

4, show_intersect=T时,可输出为交互式html,此时可点击数值显示源数据。

upset图,基本上属于第一批更换传统韦恩图样式的图,对传统的韦恩图5维以上的眼花缭乱,upset图更加的简洁易懂,让人眼前一亮。

点评:upset图相当于把每个交集块变成了柱子,简单易懂,也能从中看出不同集合的分布。同时此包可以对数据统计做出散点图、箱线图、直方图等多种统计图形展示,当然默认单纯的upset图使用的最多。

点评:plot通过type参数来控制输出的类型(vennpie,upset等),默认为传统的韦恩图绘制,增加了类条形图的展示,同时调用了upsetR包绘制upset图,即更丰富了韦恩图的不同展示方式。大于5维韦恩图的首选。

点评:目前未找到单纯的包来做花瓣图,但是可以搜索到不少写好的函数可以做,毕竟花瓣图相当于根据绘制数目得到多边形角度,然后绘制椭圆。花瓣图适合更多样品之间的韦恩图绘制,此时花瓣图丢失了更多的信息。

点评:网络图,可以将每个样品的具体基因或者物种等因子全部展示出来,更多的保留了原来的所有信息。此包其实类似与花瓣图的展示方式,丢失了统计信息,但是可以设置具体的因子信息。当然此包的优势在于其他网络图的上。

点评:这个包基本上可以略过,主要功能也不是为了绘制韦恩图,需要输入计算分类好的0-1矩阵。

以上为目前搜集到的所有R包绘制维恩图方式,当然存在更多的方式绘制,比如ggvenn包,样式都是殊途同归,一切都在探索中、更新中。

百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月,是一家高新技术企业,公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术,拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块;拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队;公司自成立以来,注重创新发展,科研成果成果层出不穷,先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇,累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项,软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台,满足科研工作者多种科研需求,努力打造基因产业国际一流企业,“为世界创造新的可能!”返回搜狐,查看更多

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